核酸以及核苷酸的基本換算

1．核酸的換算：
（1.1） 摩爾數與質量：
1 mg 1,000bp DNA = 1.52 pmol
1 mg pUC18/19 DNA （2,688bp） = 0.57 pmol
1 mg pBR322 DNA （4,361bp） = 0.35 pmol
1 mg SV40 DNA （5,243bp） = 0.29 pmol
1 mg FX174 DNA （5,386bp） = 0.28 pmol
1 mg M13mp18/19 DNA （7.250bp） = 0.21 pmol
1 mg l phage DNA （48,502bp） = 0.03 pmol

1 pmol 1,000bp DNA = 0.66 mg
1 pmol pUC18/19 DNA （2,688bp） = 1.77 mg
1 pmol pBR322 DNA （4,361bp） = 2.88 mg
1 pmol SV40 DNA （5,243bp） = 3.46 mg
1 pmol FX174 DNA （5,386bp） = 3.54 mg
1 pmol M13mp18/19 DNA （7.250bp） = 4.78 mg
1 pmol l phage DNA （48,502bp） = 32.01 mg

 （1.2） 光吸收值與濃度：
1 OD260 dsDNA = 50 mg/ml = 0.15 mmol/L
1 OD260 ssDNA = 33 mg/ml = 0.10 mmol/L
1 OD260 ssRNA = 40 mg/ml = 0.12 mmol/L
1 mmol/L dsDNA = 6.7 OD260
1 mmol/L ssDNA = 10.0 OD260
1 mmol/L ssRNA = 8.3 OD260

 （1.3） 分子量：
1個脫氧核糖核酸堿基的平均分子量為333 Daltons
1個核糖核酸堿基的平均分子量為340 Daltons

 （1.4） 核酸末端濃度：
環狀DNA：
pmol ends = pmol DNA ′ number of cuts ′ 2
線性DNA：
pmol ends = pmol DNA ′ （number of cuts ′ 2 + 2）

 1 mg 1,000bp DNA = 3.04 pmol ends
1 mg pUC18/19 DNA （2,688bp） = 1.14 pmol ends
1 mg pBR322 DNA （4,361bp） = 0.7 pmol ends
1 mg SV40 DNA （5,243bp） = 0.58 pmol ends
1 mg FX174 DNA （5,386bp） = 0.56 pmol ends
1 mg M13mp18/19 DNA （7.250bp） = 0.42 pmol ends
1 mg l phage DNA （48,502bp） = 0.06 pmol ends

 2．核苷酸的換算：
（2.1） 分子量：
MW （Da） = 333 ′ N （number of bases）

（2.2） 濃度：
C （mmol/L or pmol/ml） = OD260 / （0.01 ′ N）
C （ng/ml） = OD260 ′ MW / （0.01 ′ N）
MW —— molecular weight
N —— number of bases
OD260 —— absorbance at 260 nm

（2.3） 雙鏈DNA與寡核苷酸的熔點
短于25bp的雙鏈寡核苷酸：
Tm = 2 （A + T） + 4 （G + C）
長于25bp的雙鏈寡核苷酸：
Tm = 81.5 + 16.6 （ lg[J+] ） + 0.41 （%GC）
– （600/N） – 0.63 （%Formamide）
N —— 引物的長度（以堿基數計算）
J+ —— 單價陽離子濃度

（2.4） DNA與表達蛋白之間分子量換算
1 kb DNA = 333 amino acid ≈ 3.7 ′ 104 Da
10,000 Da Protein ≈ 270 bp DNA
30,000 Da Protein ≈ 810 bp DNA
50,000 Da Protein ≈ 2701 bp DNA
100,000 Da Protein ≈ 27 kb DNA